•  

    Testy na #koronawirus wychodzą pozytywnie, nawet po wyzdrowieniu

    Znalezisko: https://www.wykop.pl/link/5356755/4-ozdrowialych-pacjentow-ponownie-chorych-3-15-dni-po-wyzdrowieniu/

    tl;dr:
    4 osoby z personelu medycznego zaraziło się koronawirusem w styczniu. Mieli po 30-36 lat. Leczyli ich normalnym lekiem przeciwirusowym na grypę. W czasie hospitalizacji wszyscy mieli normalne objawy koronawirusa i testy PCR wychodziły pozytywne (czyli że mają koronawirusa). Wszyscy wyzdrowieli po 12-32 dniach. Zrobili im jeszcze 2x testy PCR dla pewności i wszystkie wyszły negatywne (czyli że nie mają koronawirusa). No to ich wypisali ze szpitala i zaliczyli do zdrowych.

    Ale ponieważ jeszcze nie wiedzieli jak zachowują się zdrowi, bo to były pierwsze przypadki to na wszelki wypadek poddali ich kwarantannie na 5 dni. Po tych 5 dniach wzięli ponownie do szpitala i zrobili ponownie testy PCR w każdym kolejnym dniu 5-13 - w sumie 5 testów i wszystkie wyszły pozytywne (czyli, że mają koronawirusa ponownie).

    No i tutaj pojawił mały WTF bo z reguły jak człowiek wyzdrowieje z wirusa to ma przeciwciała i wirusa nie powinno być w testach (no chyba, że się gdzieś schował w komórkach i jak np robi wirus ospy wietrznej - chowa się w komórkach nerwowych i jak jest mega słaba odporność to wychodzi ponownie i mamy półpasiec - ok koniec dygresji, temat rzeka...).

    W każdym razie wniosek jest taki: testy wyszły pozytywnie to zła wiadomość. Dobra jest taka, że w czasie kwarantanny chorzy mieli kontakt z rodziną i nikogo nie zarazili. Mimo pozytywnych wyników PCR nie mieli też objawów, zarówno nie mieli gorączki, jak też nie mieli zmian w płucach w tomografii.

    Publikacja na podstawie tylko 4 przypadków, więc trzeba dalej badać co i jak, nie można na tej podstawie wyciągać daleko idących wniosków.

    #koronawirusfakty #chiny
    pokaż całość

  •  

    W Oddziale Chorób Zakaźnych w mieście południowej Polski potwierdzono u pacjenta koronawirusa.
    Pacjent uprzednio był we Włoszech. Jest jeszcze kilka ciekawych szczegółów ale je dopiero wyjawie jak bedzie oficjalne komunikat.
    PS. Nie pytajcie o to skąd wiem, bo bym sie sprzedał.
    #koronawirus #koronawirusfakty

  •  

    Dlaczego nasz rząd nie zaczyna myśleć nad budową szpitala gdzieś w Polsce który by zajął się leczeniem ludzi z objawami #koronawirus?
    Zamiast się przygotowywać to znając życie po fakcie będą podejmowane działania.

    #coronavirus #wirus #epidemia #koronawirusfakty #chiny #wuhan pokaż całość

    •  

      @showiz: Bo są już takie szpitale.

    •  

      @showiz: Kwarantanny można zorganizować w szkołach ( wiejskie oddalone od zabudowań). Potrzeba łóżek polowych i sprzętu medycznego( kombinezony, maski , koncentratory tlenu, respiratory, środki odkażające). Myślę że przygotowanie takich miejsc nie wykracza poza możliwości państwa Polskiego. Posiadamy firmy przerabiające włókniny na filtry. Najważniejsze żeby cały dostępne zapasy magazynowe przeznaczyć na mniej lub bardziej efektywne maseczki ochronne. Zostało nam w najlepszym wypadku 2 tygodnie do rozpoczęcia poważnej epidemii i najwyższy czas działać. pokaż całość

      +: laminia
    • więcej komentarzy (15)

  •  

    * W czasopiśmie JAMA pojawiła się świeżutka analiza statystyczna 72 tysięcy osób badanych w Chinach w związku z koronawirusem do 11 lutego. W tej grupie znalazły się 44 tysiące z chorobą potwierdzoną testami PCR, 10 tysięcy "potwierdzonych klinicznie" - czyli mających objawy i zmiany w płucach ale jeszcze bez potwierdzenia laboratoryjnego (tylko prowincja Hubei) - i 16 tysięcy podejrzanych, czyli mieszkających w innych prowincjach, z objawami i historią narażenia ale bez badań. Dodatkowo ponad 800 osób w momencie potwierdzenia laboratoryjnego jeszcze bezobjawowych.

    Z takiej grupy przypadków można już coś wyciągnąć statystycznie, mając oczywiście na uwadze, że analiza ostatecznych wyników leczenia przekłamuje z powodu szybkiego przyrostu nowych przypadków. Rozkład wieku chorych jest bardzo skośny - 1% to dzieci do 9 roku życia, kolejny 1% to dzieci i młodzież między 10 a 19 lat, następne 8% to chorzy między 20 a 29 lat. Przeważająca większość to osoby między 30 a 79 lat. Z kolei osoby powyżej osiemdziesiątki to zaledwie 3%. I bardzo dobrze, bo właśnie w tej ostatniej kategorii wiekowej jest najwięcej zgonów.
    Współczynnik zgonów do całkowitej liczby przypadków (case-fatality ratio) w grupie powyżej osiemdziesiątki to aż 14,8%, między 70 a 79 r. ż. to 8%, w całej populacji zaledwie 2,3% natomiast wśród osób w stanie krytycznym 49%. Praktycznie wszystkie zgony dotyczyły osób, które doszły do stanu krytycznego
    Na szczęście stan krytyczny zdarzał się rzadko - w 5% potwierdzonych przypadków. Większość, bo 81% to stan umiarkowany.

    Zwiększone ryzyko śmierci dotyczyło też osób z chorobami przewlekłymi - wśród osób z chorobami sercowo-naczyniowymi 10%, u cukrzyków 7,3%, u osób z przewlekłymi chorobami płuc 6%, u nadciśnieniowców też 6%, u chorych na nowotwory 5%.
    Trzeba tu też oczywiście mieć na uwadze, że osoby z przewlekłymi chorobami są zazwyczaj starsze, więc tutaj nakładają się na siebie dwie rzeczy.
    Autorzy wykonali też wykres pokazujący dzienny przyrost ilości zdiagnozowanych przypadków oraz dzienny przyrost osób z objawami, określony retrospektywnie na podstawie informacji od chorych kiedy przed dniem diagnozy po raz pierwszy poczuli jakieś objawy. Obie górki na wykresie mają podobny kształt i są przesunięte w czasie o 7-10 dni, bo tyle zwykle zwlekali chorzy.
    Zidentyfikowano 1100 przypadków klastrów zachorowań, głównie są to zachorowania w obrębie rodzin. Na podstawie ich ilości i liczebności autorzy oceniają, że nowy koronawirus jest bardziej zaraźliwy niż SARS czy MERS, ale nie podejmują się wyliczenia współczynnika reprodukcji.
    https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2762130

    Oczywiście liczenie śmiertelności ze stosunku zgony/liczba przypadków w trakcie trwania fazy szybkiego wzrostu liczby przypadków daje trochę zaniżone wartości. Z kolei liczenie go ze stosunku "zgony/osoby, które zakończyły terapię" zawyża wynik z tej samej przyczyny (dojście do zdrowia trwa dłużej niż śmiertelne przesilenie). Obecnie jednak z oficjalnych chińskich danych wynika dotarcie do fazy stabilizacji a nawet spadku ilości nowych przypadków, co zbliża wartości liczone na oba sposoby do rzeczywistych. Z dzisiejszych danych wykazujących 77 660 przypadków, 2663 zgony i 27 624 wyleczenia wynika Case-Fatality Ratio 3,4% oraz stosunek zgonów do zakończeń leczenia 8,8%.
    Osobiście obstawiam końcową wartość całkowitej śmiertelności na około 6-7%, co dawałoby do końca epidemii w Chinach, jeśli nowych przypadków nagle nie przybędzie, między 4,6 a 5,4 tysięcy zgonów. Całkowita śmiertelność w innych krajach może być inna ze względu na różnice w rozkładzie wieku obywateli, ilości osób przewlekle chorych czy stan opieki medycznej.
    Publikowane więc w mediach dane, że umiera tylko 2% zarażonych, są już w tym momencie nieaktualne i nie oddają sytuacji.

    #koronawirusfakty #koronawirus #2019ncov #covid19 #medycyna #gruparatowaniapoziomu
    pokaż całość

  •  

    Mirki,
    pałujecie się do tego #koronawirus jakby to było nie wiadomo co kiedy de facto taki wirus w Polsce wytłukłby paru polityków i połowę elektoratu partii rządzącej Wam nie robiąc krzywdy ( ͡° ͜ʖ ͡°) Przecież przed 60 umrzeć na to to jak wygrać w lotka.

    Dla porównania sezon grypowy w USA 2017-2018 - najbardziej narażona grupa 65+ - 6 milionów chorych, 50 000 śmierci, prawie 9% śmiertelności. Pewnie jakby wzięli samych 80+ to też by wyszło z 15%, proof: https://www.cdc.gov/flu/about/burden/2017-2018.htm

    Trochę mnie przeraża takie sterowanie strachem i tłumem za pomocą mediów, do 90% myślących ludzi już nie przemawiają fakty, kupują maski, robią zapasy, nosz ja pierdolę, smog i pojebany kierowca to Wasz największy wróg w tym kraju, nie jakieś chińskie wymysły.

    Pomijam już fakt że w pewnym wieku (to niestety mocno uwarunkowane genetycznie oraz tym jak człowiek się szanował) byle infekcja jest zabójcza - dla żula będzie to 50 lat, dla babki co zdrowo żyła ale ma dobre geny 85 czy 90. Wszystkich moich długowiecznych dziadków zmiotły z planszy tak trywialne tematy jak przeziębienie, przewianie, rozwolnienie czy upadek z kibelka ( ͡° ʖ̯ ͡°) Także jak jakaś choroba kosi żniwo typu 15% powyżej 80-tki to jakoś niespecjalnie mnie to rusza...

    PS. Dane z Chin, dla Europy będą raczej lepsze tym bardziej że zaraz wiosna.

    tl;dr trzymajcie babcie w piwnicach i nic złego się Waszym rodzinom nie przytrafi.

    #zalesie #chiny #koronawirusfakty
    pokaż całość

    źródło: coronavirus.jpeg

  •  

    Publikacje na temat nowego wirusa zagęszczają się, tylko do samego The Lancet czeka w kolejce kilkanaście preprintów. Powybierajmy więc najciekawsze.

    * JAMA publikuje krótką pracę w formie listu opisującego przypadek rodzinnej grupy zachorowań w Anyang. Na podstawie objawów i testów PCR zdiagnozowano wirusa u pięciu członków rodziny. Najbardziej interesujące jest jednak to, że jak wskazują wszystkie zebrane informacje, zarazili się oni od szóstej osoby, u której chorobę wykryto tylko testami genetycznymi, bo była całkowicie bezobjawowa.

    Pierwsza osoba to 20-letnia kobieta, która mieszkała w Wuhan i 10 stycznia pojechała do rodziny w Anyang w związku ze zbliżającym się nowym rokiem. Początkowo spotkała się z dwójką krewnych, ale po trzech dniach wybrała się z pozostałymi do szpitala, odwiedzić kolejnego krewnego, leczonego na zupełnie inną chorobę. Nie ma informacji aby w tym czasie w szpitalu znajdował się ktoś chory na nowego koronawirusa.
    17 stycznia objawy chorobowe pojawiły się u jednego z krewnych z którymi była w szpitalu, kolejny dostał gorączki 23 stycznia, dwaj następni 25 stycznia. Zainteresowano się wtedy grupą spokrewnionych chorych na płuca a po uzyskaniu informacji, że w sumie to ostatnio stykali się z krewną z Wuhan, zawezwano całą szóstkę do izolacji w szpitalu. Kolejnego dnia, gdy u piątego krewnego pojawiła się gorączka, wykonano wszystkim badanie PCR - było pozytywne u pięciu krewnych zaś negatywne u kobiety z Wuhan. Mimo to postanowiono przetrzymać ją na obserwacji. 28 stycznia kolejne badanie PCR było już pozytywne. U dwóch objawowych chorych z tej grupy rozwinęło się ciężkie zapalenie płuc, wszyscy mieli widoczne zmiany w płucach, obniżony poziom limfocytów i podwyższony poziom białka C-reaktywnego.
    Kobieta z Wuhan przez cały czas nie zauważyła u siebie gorączki, zmiany samopoczucia czy problemów z oddychaniem.
    W czasie izolacji w szpitalu nie stwierdzono podwyższonej temperatury, zmian w płucach, kataru czy kaszlu, ani obniżenia limfocytów czy podwyższenia białka C-reaktywnego. Żaden objaw kliniczny się nie pojawił, mimo pozytywnego wyniku PCR, który też nie pojawił się od razu.

    Autorzy wnioskują więc, że krewni w Anyang zarazili się od kobiety z Wuhan, która w tym czasie nie miała żadnych objawów. Pierwszy wynik testu medycznego, potwierdzający obecność wirusa, nastąpił 19 dni po wyjeździe z centrum epidemii. Zauważają, że wprawdzie opisano już przypadek 10-letniego bezobjawowego chłopca w innej rodzinnej grupie, ale u tamtego wykryto jednak później pewne zmiany w płucach, natomiast tutaj aż do 11 lutego kobieta z Wuhan nie wykazała żadnych objawów (kolejne PCR z 5 lutego było już negatywne). Stwierdzają, że będą jeszcze badać ten przypadek, aby potwierdzić informacje i sprawdzić jakie mogły być mechanizmy przeniesienia wirusa.
    https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2762028

    Trzeba tu jednak zauważyć, że równie dobrze możliwy jest inny scenariusz - wszyscy oni zarazili się dopiero w Anyang, od nieustalonej osoby, może podczas wizyty w szpitalu, może pierwszym zarażonym był ten, u którego objawy grypopodobne pojawiły się najwcześniej i to od niego zarazili się pozostali. Tłumaczyłoby to dlaczego wszyscy objawowi pacjenci mieli tak długi okres inkubacji - licząc od wizyty w szpitalu, gdy cała szóstka spotkała się razem i gdy zgodnie z hipotezą z artykułu zarazili się wszyscy od krewnej z Wuhan, jeden krewny doznał objawów po czterech dniach, natomiast pozostali dopiero po 10, 12 i 13 dniach. Gdyby było odwrotnie i podczas wizyty w szpitalu zaraził się ten, u którego objawy wystąpiły najwcześniej a pozostali od niego później, wtedy ich czasy inkubacji skracają się bliżej średniej. Brakuje informacji w jakich innych dniach wszyscy się ze sobą kontaktowali. Autorzy artykułu nie rozważają tej wersji.
    Pozostaje też oczywiście wersja z długimi czasami inkubacji i roznosicielką bez żadnych objawów do końca choroby. Może to przypadek osoby, u której układ odpornościowy działał na tyle sprawnie, że wiremia pozostała na niskim poziomie nie wywołując objawów. Wtedy poziom wirusów w wydzielinie płucnej może stać się wystarczający do zarażenia tylko w niektórych dniach a w pozostałych pozostawać tak niski, że trudny do wykrycia. Taka Koronawirusowa Mary*
    (* Znany przykład nosicielstwa bez objawów to Tyfusowa Mary, pracująca jako kucharka, która zaraziła tyfusem 50 osób, w niektórych badaniach wykrywano u niej bakterie a w innych nie https://pl.wikipedia.org/wiki/Mary_Mallon).

    * Kolejna mała publikacja opisuje dane kliniczne 9 niemowląt leczonych z powodu zarażenia wirusem. To jedyne niemowlęta o jakich udało się autorom zdobyć informacje do 6 lutego. Wszystkie zostały zbadane w związku z zachorowaniami w rodzinie. Cztery miały gorączkę, dwa słabe objawy infekcji dolnych dróg oddechowych, jedno w dniu badania nie miało objawów, zbadano je z powodu choroby krewnego, a o dwóch nie było informacji czy miały jakieś objawy. Żadne nie wymagało potem intensywnej terapii ani wspomagania oddechu respiratorem, nie stwierdzono też u nich groźnych powikłań. Wygląda więc na to, że wbrew obawom niemowlęta nie przechodzą infekcji ciężej. Autorzy oczywiście wiedzą, że ich badanie ma ograniczenia, bo zebrana grupa przypadków jest bardzo mała. Sugerują, że z powodu słabych objawów wiele niemowląt mogło nie zostać w ogóle zbadanych, stąd pozorne małe ryzyko. Ponieważ tak małym dzieciom trudno założyć maseczkę chirurgiczną, trzeba wymyślić jakieś inne metody ochrony. Autorzy wskazują na rolę higieny krewnych, na przykład mycie rąk przed każdym zamierzonym dotykaniem dziecka.
    https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2761659?widget=personalizedcontent&previousarticle=0

    * Z kolei The Lancet publikuje analizę danych medycznych osób w stanie ciężkim obserwowanych do końca terapii. Z grupy 710 chorych leczonych w jednych ze szpitali w Wuhan od końca grudnia do 26 stycznia, wzięto dane 52, u których stan doszedł do fazy krytycznej i których przyjęto do szpitala przed 12 stycznia. Jako stan krytyczny uznawano chorych na oddziale OIOM u których stosowano mechaniczną wentylację płuc lub podawanie tlenu o stężeniu powyżej 60%. Ilość chorych kierowanych na OIOM przekroczyła możliwości oddziału, dlatego część była leczona w dwóch prowizorycznie wyznaczonych.
    Grupa krytycznie chorych, którzy zmarli, była średnio starsza od tych, którzy przeżyli (64 vs. 52 l.). Podobna dysproporcja dotyczy poszczególnych kategorii wiekowych - przeżyli wszyscy z najmłodszej grupy wiekowej 30-39 lat i nikt z najstarszej, powyżej 80 r.ż. W grupie chorych ogółem częściej trafiali się mężczyźni, ale między zmarłymi a przetrwałymi nie było różnic w proporcjach płci. 40% chorych miało inne choroby przewlekłe i w grupie zmarłych zdarzały się one dwa razy częściej; szczególnie wyraźnie widać wzrost częstości dla chorób sercowo-naczyniowych i cukrzycy.
    Większość chorych trafiła na oddział z powodu ostrej niewydolności płucnej ARDS, ale część miała uszkodzenia nerek, serca, zaburzenia pracy wątroby i jedna odmę. Większość pacjentów z grupy dostawała antybiotyki a połowa przeciwzapalne glukokortykoidy, w przypadku stosowania antybiotyków nie ma różnicy w tym jak często pacjenci przeżywali, a dla kortykoidów ci, którzy przeżyli, troszeczkę częściej byli osobami leczonymi tymi środkami. Zmarli wyraźnie częściej mieli zespól ARDS i byli wentylowani mechanicznie.
    Ostatecznie 32 krytycznie chorych pacjentów (61,5%) zmarło do końca 28-dniowego okresu obserwacyjnego - dlatego brano pod uwagę tylko osoby przyjęte do szpitala przed 12 stycznia, aby mieć dane z czterech tygodni leczenia. Wszystkich chorych przyjętych do tego dnia było 201, ponieważ były przypadki trzech zgonów od razu po przyjęciu do szpitala, których nie wzięto tu pod uwagę (nie zdążyli zostać uznanymi za krytycznie chorych), to wynikałaby z tego śmiertelność w tej dwustuosobowej grupie 17,5%. Ponieważ do badania kwalifikowały się osoby, które po przyjęciu do 12 stycznia, trafiły na OIOM do 26 stycznia, a ich stan był sprawdzany ponownie 9 lutego, można chyba założyć, że jest to śmiertelność całkowita w tej grupie (mało prawdopodobne aby ktoś był jeszcze hospitalizowany po upływie 28 dni a zarazem nie trafił w tym czasie na OIOM). Oczywiście znaczna ilość osób z dodatkowymi chorobami oraz w podeszłym wieku wpłynęła tu na śmiertelność, więc to nie ma takiego prostego przełożenia na populacje ogólną.

    #koronawirusfakty #koronawirus #2019ncov #medycyna #gruparatowaniapoziomu
    pokaż całość

  •  

    Czy dzieci chorują na nowego chińskiego koronawirusa?
    * Pojawiła się mała analiza danych klinicznych 34 dzieci zdiagnozowanych w Shenzhen między 19 stycznia a 7 lutego, w wieku od 11 miesięcy do 8 lat. Większość została zbadana w związku z zachorowaniami u bliskich krewnych i 8% w dniu badania nie miało żadnych objawów, a 26% lekkie. W przebiegu leczenia nie było przypadków stanu krytycznego ani ciężkiego. W 82% przypadków poziom białych krwinek był w normie. U 12 dzieci stosowano leczenie przeciwwirusowe. Do dnia publikacji wszystkie zostały wyleczone.
    Publikacja oryginalnie w języku chińskim, więc opieram się na obszernym anglojęzycznym abstrakcie.
    https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32062875-clinical-and-epidemiological-characteristics-of-34-children-with-2019-novel-coronavirus-infection-in-shenzhen/?from_single_result=Clinical+and+epidemiological+characteristics+of+34+children+with+2019+novel+coronavirus+infection+in+Shenzhen&show_schema_message=all

    * Pojawiła się też analiza obrazów z tomografii komputerowej płuc 15 dzieci z wyżej opisanej grupy. Wnioskiem z analizy było stwierdzenie, że obserwowane zmiany są u dzieci niespecyficzne więc podstawą do diagnozy pozostaje jednak analiza PCR
    https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32061200-analysis-of-ct-features-of-15-children-with-2019-novel-coronavirus-infection/?from_single_result=32061200
    Przyjęcie w prowincji Hubei szybkiej procedury kwalifikowania chorych na podstawie skanów płuc może więc doprowadzić do przeoczenia skąpoobjawowych zachorowań u dzieci.

    * Jest jeszcze bardzo obszerny artykuł z zaleceniami odnośnie sposobów diagnozowania dzieci, jednolitych kategorii oceny stanu (przy jakim natlenieniu krwi uznajemy, że doszło do niewydolności płuc u niemowląt a przy jakim u starszych), postępowania klinicznego, zalecanych zabiegów i leków. Są to ogólniki oparte głownie o informacje z epidemii podobnych chorób, nie ma więc sensu tu wszystkiego streszczać.
    https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12519-020-00345-5

    * Pojawił się przegląd danych klinicznych 137 chorych leczonych w dziewięciu szpitalach w prowincji Hubei, ale nie w Wuhan. Zebrano informacje o osobach leczonych od 30 grudnia do 24 stycznia (czyli pierwsza osoba trafiła do szpitala poza Wuhan zanim jeszcze ogłoszono, że pojawiła się jakaś tajemnicza choroba). W grupie tej kobiet było nieco więcej niż mężczyzn, średni wiek to 55 lat (20-83). Połowa pacjentów przyjechała z miasta Wuhan, natomiast nikt nie miał kontaktu z feralnym targiem rybnym.
    Z opisanej grupy 11% zmarło a 32% zostało wyleczonych do momentu zamknięcia publikacji.
    https://journals.lww.com/cmj/Abstract/publishahead/Clinical_characteristics_of_novel_coronavirus.99408.aspx

    * Kolejny mały artykuł opisuje przypadek grupy zachorowań rodzinnych - trzy osoby, które przebywały w Wuhan do 22 stycznia (czyli wyjechały praktycznie w dniu ogłoszenia kwarantanny) i wyjechały do Guangzhou. Ojciec zaczął czuć pierwsze objawy czwartego dnia po wyjeździe. Kolejnego dnia zgłosił się do szpitala, gdzie zbadano mu wymaz z gardła i wydzielinę z nosa. Potwierdzono zarażenie nowym wirusem. Na wszelki wypadek zbadano jego żonę i trzyletniego syna. Mimo że nie mieli żadnych objawów wykryto u nich wirusa. Do końca okresu zbierania danych (29 stycznia) mężczyźnie stopniowo się poprawiało, natomiast żona i syn nadal nie mieli objawów. Autorzy przypuszczają, że takich sytuacji może być więcej lecz nie są diagnozowane. Utrudnia to należytą izolację faktycznie zarażonych, ale też pozornie zwiększa groźność choroby.
    https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30114-6/fulltext

    Wcześniej całkowicie bezobjawowy przypadek wykryto u dziecka w chorej rodzinie w Shengzhen, której członkowie zaczęli czuć objawy po upływie 3-6 dni od przypuszczalnego momentu infekcji. Nie miało ono objawów w chwili diagnozy, 11 dni po zachorowaniu pierwszego członka rodziny, ani nie pojawiły się w ciągu kolejnych czterech dni.
    #koronawirusfakty #2019ncov
    pokaż całość

  •  

    @KubaGrom @vuxiu

    Widzialem, iz bardzo konkretnie i merytorycznie poruszacie temat covid19/2019ncov. Mam pare pytan, moze rozsjasnicie sytuacje.

    1. Czy covid19/2019ncov powoduje tzw. burze cytokin (podobnie jak hiszpanka w jednej ze swoich faz)
    2. Na co glownie umieraja chorujacy na covid19/2019ncov? Ktore choroby wspolistniejace w najwyzszym stopniu zwiekszaja ryzyko zgonu?
    3. Czy osoby, ktore wyzdrowialy uzyskuja odpornosc?
    4. Czy osoby, ktore wyzdrowialy posiadaj jakies powiklania, trwale uszkodzenia narzadowe po przebyciu choroby?
    5. Czy choroba ogranicza sie tylko do pluc czy np. przechodzi tez na oskrzela?
    6. Czy wirus juz zmutowal? W lepsza/gorsza forme?

    #koronawirusfakty #koronawirus #covid19 #2019ncov #zdrowie #medycyna #gruparatowaniapoziomu
    pokaż całość

  •  

    Czy naukowcy napisali ostatnio coś ciekawego o nowym koronawirusie?
    * Wczorajsza publikacja z The Lancet to opis pojedynczego przypadku - pacjenta w wieku 50 lat, bez informacji o przewklekłych chorobach, który zmarł w szpitalu Bejing. Przez kilka dni (8-12 stycznia) był w Wuhan, potem wrócił do pracy. Po dwóch dniach od powrotu zaczął czuć dreszcze i nasilający się kaszel, ale bagatelizował objawy. 7 dnia choroby zaczął odczuwać gorączkę. Gdy kolejnego dnia pojawiło się zmęczenie i spłycenie oddechu, udał się do lekarza. Nie znając jeszcze przyczyny problemów z oddechem i biorąc je za powikłanie grypy, zastosowano antybiotyk moksyfloxacynę i steroid metyloprednizolon. Wobec braku poprawy pacjent został przyjęty do szpitala.
    Podczas pierwszej wizyty u lekarza gorączka wynosiła 39 stopni, w szpitalu spadła do 37,4, w kolejnych dniach temperatura była w normie lub tylko lekko podwyższona. Ponieważ pierwszego dnia hospitalizacji potwierdzono przypuszczenie koronawirusa, pacjent zaczął być leczony lekami przeciwwirusowymi o szerokim spektrum - ritonavir+lopinavir, interferonem alfa w inhalacjach i meropenem w związku z podejrzeniem powikłań.

    Od pierwszego dnia hospitalizacji stwierdzano na prześwietleniu płuc liczne cienie w obu płucach. Ich ilość nie zmniejszała się w czasie hospitalizacji. Z powodu pogłębienia problemów oddechowych zastosowano najpierw tlenoterapię. W trzynastym dniu choroby chciano użyć respiratora wspomagającego płytki oddech, ale pacjent nie zgodził się na to z powodu klaustrofobii. Kolejnego dnia problemy z oddechem pogłębiły się. Pomimo podawania czystego tlenu wysycenie krwi wynosiło tylko 60%. Pacjent doznał nagłego zatrzymania akcji serca. Mimo reanimacji i zastrzyku adrenaliny nie udało się przywrócić czynności sercowej i krótko po 18 stwierdzono zgon. Był to 14 dzień choroby i 6 hospitalizacji.

    Pobrano próbki z płuc, wątroby i serca. W płucach stwierdzono rozproszone uszkodzenie pęcherzyków płucnych i wysięk. złuszczenie pneumocytów charakterystyczne dla ostrej niewydolności oddechowej. Zauważono też wielojądrzaste, scyncytialne komórki z atypowych pneumocytów, z powiększonymi jądrami; granulowaną, amfofilową cytoplazmą i wyraźnymi jąderkami, podobne do wirusowych cytopatii i nieoczywistymi wtrąceniami wirusowymi. Pod tym względem bardzo przypominają objawy obserwowane w przypadku zarażeń SARS i MERS.
    W wątrobie stwierdzono lekkie stłuszczenie i słabą aktywność zrazikową, co mogło być wynikiem uszkodzeń w wyniku choroby lub reakcji na stosowane leki. W sercu stwierdzono kilka śródmiąższowych nacieków zapalnych ale nie było innych znaczących uszkodzeń serca.
    W krwi obwodowej stwierdzono obniżoną całkowitą ilość białych krwinek, ale równocześnie wysokie ich zaktywizowanie. Zwłaszcza duże podwyższenie wykazały frakcje Th 17, CCR4 i CCR6 w limfocytach T CD4, a limfocyty CD8 wykazywały wysokie stężenie cytotoksycznych granulek. Wnioskują stąd, że nadaktywność prozapalna limfocytów i wzrost ilości czynników cytotoksycznych miały związek z ciężkimi uszkodzeniami komórek u tego pacjenta.
    https://www.thelancet.com/lanres/article/s2213-2600(20)30076-x

    Sugerowałoby to, że stosowanie środków hamujących nadmierny atak układu odpornościowego na własne tkanki organizmu, mogłoby zmniejszać ciężkość powikłań. Jest to bardzo interesujący wątek, jeśli połączyć go z wcześniejszymi informacjami o lekach przeciwwirusowych. Dużą aktywnością wykazała się wtedy chlorochina, która poza hamowaniem replikacji i działaniem przeciwpasożytniczym, jest też stosowana w medycynie do... osłabiania nadmiernej aktywności immunologicznej. Zastanawiałem się wtedy, czy działanie na układ odpornościowy nie przekreśli aby pozytywnych skutków hamowania replikacji, ale w świetle tego doniesienia można przypuszczać, że lek może przynieść podwójną korzyść. Chlorochina jest stosowana w leczeniu tocznia rumieniowatego i w paru publikacjach wskazano, że przywraca ona równowagę między różnymi czynnikami zapalnymi, zmniejszając między innymi nadaktywność TH 17 i wywołane tym uszkodzenia komórek:
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29141242

    * Interesująca jest też publikacja na temat danych klinicznych 9 kobiet w ciąży, u których wykryto COVID-19. Wszystkie te kobiety miały zaawansowaną ciążę, w dokonano u nich cesarskiego cięcia w trzecim trymestrze. Żadna z nich nie rozwinęła ostrego zapalenia płuc i żadna nie zmarła do końca okresy zbierania danych (4 lutego). Dzieci urodziły się żywe, zdrowe (9-10 punktów Apgara po 5 minutach). nie stwierdzono wirusa w wymazach z płuc noworodków, podobnie jak i w płynie owodniowym i krwi pępowinowej. U pacjentek, u których doszło do laktacji, nie znaleziono wirusa w mleku.
    Wnioskiem jest brak wskazówek do do przeniesienia wirusa z matki na dziecko, przynajmniej w przypadku zarażenia w trzecim trymetrze oraz brak wskazówek aby ciąża pogarszała przebieg choroby. Może obserwacja większej grupy chorych pokaże jak to wygląda we wcześniejszych miesiącach ciąży.
    https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30360-3/fulltext

    Na obrazku: prześwietlenie klatki piersiowej pierwszego chorego w Kanadzie. Jeśli jest na pokładzie radiolog, to może on tu coś szczególnego dostrzeże.
    #koronawirusfakty #koronawirus #covid19 #2019ncov #zdrowie #medycyna #gruparatowaniapoziomu
    pokaż całość

    źródło: i.imgur.com

  •  

    Czy są już jakieś publikacje na temat leków na nowego wirusa? Trochę jest, i to nawet w niezłych czasopismach.
    Ostatni artykuł z The Nature opisuje testy in-vitro sprawdzające, jakie leki o działaniu ogólno-przeciwwirusowym hamują replikację koronawirusa na preparacie komórek..

    Użyto tu komórek nabłonkowych z linii Vero E6, standardowo używanej przy produkcji szczepionek na ludzkie wirusy, oraz kilku leków przeciwwirusowych - rekomendowanych przez FAD rybawiryny, penciloviru, nitazoxanidu, nafamostatu i chlorochiny, oraz dwóch nowych remdesivir i favipiravir. W pierwszej turze badań sprawdzano stężenia cytotoksyczne na same komórki, w drugiej do preparatu komórek dodano roztwór cząstek wirusowych ze szczepu pobranego w mieście Wuhan.
    Intensywność zarażeń oceniono metodą RT-PCR wykrywającą ilość powstających nowych cząstek wirusowych oraz przez znakowanie immunofluorescencyjne. Wykonano testy z różnym stężeniem badanych leków.

    Określono dzięki temu takie parametry jak koncentracja o połowicznej skuteczności EC50 (stężenie leku hamujące 50% zarażeń), stężenie połowicznej cytotoksyczności CC50 (stężenie zabijające połowę komórek) pozwalające określić skuteczność i bezpieczeństwo dawek.

    Część przebadanych środków hamowała replikację na bardzo niskich i bezpiecznych poziomach, inne radziły sobie słabo. Rybawiryna i Pencilovir nawet przy stosunkowo wysokich stężeniach 400 uM hamowały niewielką ilość zarażeń komórek, Favipiravir przy dwa razy mniejszym stężeniu hamował replikację całkowicie, a połowicznie przy o połowę mniejszym. Nafamostat był od niego przy stężeniu 100 uM troszeczkę skuteczniejszy.
    Nitazoxanid hamował większość zarażeń komórek już przy 5 uM.

    Najsilniejszy efekt hamujący replikację zaobserwowano jednak dla chlorochiny i remdesviru.
    Remdesvir hamował 90% zarażeń komórek już przy stężeniu 1,76 uM a połowę przy 0,77 uM co przy połowicznym stężeniu cytotoksycznym powyżej 100 uM stanowi bardzo szeroki margines bezpieczeństwa (stężenie hamujące jest 120 razy mniejsze od toksycznego).
    Chlorochina hamowała połowę zarażeń przy stężeniu 1,13 uM, wobec połowicznego stężenia cytotoksycznego też około 100 uM, co także daje szeroki margines bezpieczeństwa. Dla porównania dla kolejnego względem siły nitazoxanidu wprawdzie stężenie hamujące połowę zarażeń też było niskie - 2,12 uM - ale stężenie toksyczne też nie było zbyt wysokie - 35,3 uM, co zwiększa ryzyko, że dawka skuteczna leczniczo będzie wywoływała wyraźne objawy uboczne.

    Teraz więc czas na wprowadzenie tych środków do leczenia i sprawdzenie jak sobie radzą. Wyniki pewnie pojawią się za miesiąc lub dwa. Są to bardzo interesujące rezultaty - o ile Remdesvir to względnie nowy środek, to chlorochina to stary lek, nie objęty patentem, a przy tym dość tani i łatwo dostępny. Jako pochodna chininy jest używana jako lek przeciwpasożytniczy wobec malarii, czerwonki i lamblii, jest podawana w tabletkach. Ma też działanie przeciwzapalne i hamujące nadmierną odpowiedź układu odpornościowego, stąd wykorzystanie w leczeniu tocznia, reumatoidalnego zapalenia stawów czy łuszczycy.
    https://www.nature.com/articles/s41422-020-0282-0

    Na obrazku: obraz mikroskopowy komórek potraktowanych wirusem i różnymi stężeniami jednego z leków. Zielono świecą się komórki zarażone.

    #koronawirus #koronawirusfakty #2019ncov #medycyna #gruparatowaniapoziomu
    pokaż całość

    źródło: chlorochina.png

  •  

    W ramach przeglądu prac na temat nowego koronawirusa warto też przyjrzeć się ostatnio głośnej wydłużającej czas inkubacji. Jest z nią ten problem, że akurat w tej palącej kwestii nie podaje żadnych szczegółów.

    Jest to preprint umieszczony w repozytorium jeszcze przed pracami redakcyjnymi w czasopiśmie, jakie ma go opublikować. Oznacza to, że nie przeszedł procesu recenzji i ewentualnego poprawiania błędów. Miejsca takie prezentują wstępne wersje prac dla zabezpieczenia pierwszeństwa oraz dla wywołania dyskusji naukowej przed publikacją (dając czasem okazję do naprawienia wad artykułu).

    Artykuł podsumowuje wyniki analizy danych 1099 pacjentów zdiagnozowanych w 500 szpitalach w całych Chinach do 29 stycznia. Brano pod uwagę tylko osoby, których zachorowanie potwierdzono metodą PCR.
    Z tej grupy nieco ponad 1% miało kontakt z dzikimi zwierzętami, 30% było w Wuhan przed zamknięciem, a 70% miało kontakt z osobami z Wuhan.
    Dużo danych zawartych jest w suplementach do artykułu, na przykład plik z ilościami zarażonych notowanych w poszczególnych szpitalach, co pozwala na dużo dokładniejsze określenie geograficznie rejonów w których pojawiają się zachorowania. Niektóre miejscowości są jak na chińskie standardy dość małe. W próbce znaleźli się pacjenci z kilkunastu szpitali w Wuhan.

    Jakie wnioski wyciągnęli autorzy z tego zbioru? Zauważalna jest w nich nadal przewaga mężczyzn nad kobiety, choć nie tak uderzająca jak we wcześniejszych pracach (K/M 42/58%), średnia wieku wysoka lecz ostatecznie niższa - 47 lat, mało jest tu jednak dzieci, osoby poniżej 15 roku życia stanowią tylko 0,9%. Grupa której stan określono jako poważny była nieco starsza od grupy o stanie stabilnym (52 lat kontra 45) ale bez dużej dysproporcji. W najstarszej grupie wiekowej 65+ częstość wystąpienia stanu poważnego była wyraźnie większa niż u stabilnych (27% kontra 12%). Zauważono niewielki wzrost częstości ciężkich przypadków u palaczy i byłych palaczy
    Co czwarty pacjent miał jeszcze jakieś niezwiązane zaburzenie stanu zdrowia (nadciśnienie, cukrzycę, problemy płucne). 82% chorych hospitalizowano, 5% trafiło na OIOM, 2,18% wymagało mechanicznej wentylacji a 1,36% zmarło do dnia zamknięcia publikacji.

    Średni czas inkubacji został określony jako wyraźnie krótszy niż w poprzednich opisach, bo zaledwie 3 dni. Wzrósł też podawany zakres 0-24. Ciężko powiedzieć jak to interpretować. Oznaczałoby to, że u niektórych objawy pojawiają się od razu w dniu narażeniu na wirusa a u innych po czterech tygodniach. Trudno jednak powiedzieć jak to określono, czy to czas od ostatniego znanego narażenia na chorego czy czas od wyjazdu z Wuhan i czy liczony do pierwszego objawu czy do zgłoszenia do szpitala. W ogóle nie opisano szczegółowo tego skrajnego przypadku, więc nie wiadomo jak to oceniać. Równie dobrze może chodzić o sytuację osoby, która miała nieświadomy kontakt z chorym, w związku z czym nie wiedziała, że czas od narażenia do wystąpienia objawów był dużo krótszy.

    Autorzy opisują, że ich zbiór danych ma ograniczenia. Część danych pacjentów jest niekompletna, wielu pacjentów w dniu zakończeniu zbierania danych nadal było hospitalizowanych (93%), więc ciężko zebrać dostatecznie dużą ilość informacji o końcowych wynikach leczenia. Część danych pochodzi od niewyspecjalizowanych lekarzy, którzy mogli nie wszystko opisać w porównywalny sposób. Dodatkowo oparcie analizy głównie na danych pacjentów zgłaszających się z jakimiś objawami powoduje, że nie uwzględnia ona osób z lekkimi objawami lub bezobjawowych, które zapewne pozostają w domach i nie zgłaszają się do lekarzy (może to być jedno z wyjaśnień tak wyraźnego niedoboru dzieci). Niektóre dane nie były aktualne w dniu zakończenia zbierania, więc znane były parametry tylko początku choroby.

    W okresie zbierania danych z tej grupy zmarło tylko 15 osób a tylko 9 wyzdrowiało, widać więc, że są to bardzo początkowe i niekompletne dane.
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.06.20020974v1
    #koronawirusfakty #koronawirus #2019ncov #gruparatowaniapoziomu
    pokaż całość

  •  

    Minęło trochę czasu, czas więc na przegląd publikacji naukowych na temat wirusa z Wuhanu, pod tagiem #koronawirusfakty
    Na obrazku: sposób uporządkowania genomów betakoronawirusów z pierwszej publikacji.

    * Kompletna charakterystyka genomu nowego wirusa, z wyróżnieniem genów i domen w ich obrębie. Autorzy zauważają, że domena orf3b w obrębie genu kodującego białka sterujące replikacją, jest w nowym wirusie całkiem odmienna od innych koronawirusów i koduje całkiem nowe białko. Domena ta, ale o innej sekwencji, była już wykrywana w wirusach SARS i nietoperzych. Podczas epidemii SARS szczepy z delecją domeny replikowały równie łatwo jak z nią, więc nie koduje ona białka koniecznego do rozmnażania, natomiast wydaje się wiązać z większą zjadliwością poprzez przyspieszanie śmierci komórki i hamowanie wytwarzania interferonu. Dokładna funkcja nowego białka z pewnością będzie jeszcze badana. Być może nakierowanie testów genetycznych na ten fragment da większą specyficzność.
    Odmienność wirusa ujawnia się też w aktywnej i pełnej domenie orf8, która była obecna w najwcześniejszej fazie epidemii SARS ale potem uległa mutacji która ją dezaktywowała.
    https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/22221751.2020.1719902?src=recsys

    * Kolejne potwierdzenie znanej już informacji o pochodzeniu wirusa od nietoperzy. Tym razem po analizie RNA od dwóch chorych wykazano w przypadku jednego ważnego genu wirusowego 98,7% zgodności z genem w zbadanym wcześniej wirusie wykrytym u nietoperzy.
    https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/22221751.2020.1725399

    * Podsumowanie przypadków zarażeń w Korei Południowej. Publikacja obejmuje 24 przypadki do 7 lutego. W grupie tej większość stanowiły importy osób zarażonych w Chinach, jedna zaraziła się w Japonii, dziewięć zaraziło się już w kraju. Wystąpiła mała seria zarażeń - 26-letnia koreanka, która przyjechała z Wuhan i była trzecią zarażoną, zaraziła pacjenta nr. 6, ten zaraził pacjentów 10,11, 21.
    Cztery osoby nie podróżowały i nie miały kontaktu z pozostałymi chorymi, co sugeruje istnienie w kraju nieznanych w tym czasie zarażonych, którzy nieświadomie roznoszą wirusa.
    Najmłodsza osoba z grupy ma 21 lat, sześć ma między 20 a 30 lat, najstarsza 62 lata. Nie ma tu więc aż takiej dysproporcji wiekowej jak w publikacjach z Chin.
    Autorzy proponują aby stosować prewencyjną kwarantannę wszystkich pasażerów z Chin, co może obejmować nawet 20 tysięcy osób dziennie.
    https://jkms.org/DOIx.php?id=10.3346/jkms.2020.35.e62

    * Dane kliniczne 139 pacjentów leczonych w szpitalu uniwersyteckim w Wuhan.
    40 osób było pracownikami szpitala a 17 pacjentami leczonymi z powodu innych chorób. 75% chorych to mężczyźni, średnia wieku 56 lat (od 22 do 92). 36 osób znalazło się na intensywnej opiece medycznej z powodu ciężkich komplikacji. Grupa ta była średnio starsza niż pacjenci leczeni na zwykłym oddziale (średnia wieku 66 lat kontra 51). Ostatecznie do dnia 3 lutego 6 osób zmarło, 47 wyzdrowiało.
    46% chorych miało jeszcze inne zaburzenie zdrowia (nadciśnienie, cukrzyca, choroby naczyniowe). Wśród osób, które trafiły na OIOM było takich podwójnie chorych wyraźnie więcej (58% z nadciśnieniem i 20% z cukrzycą), więc przewlekłe choroby wyraźnie pogarszają przebieg infekcji. Nie było natomiast różnic w proporcji płci wśród pacjentów z OIOMu i poza nim. Wszystkie ofiary śmiertelne pochodziły z tej grupy, zarazem do dnia zakończenia zbierania danych 9 osób wyzdrowiało.
    Wśród opisanych znalazł się superroznosiciel, który został przyjęty z objawami brzusznymi i trafił na oddział chirurgiczny. Od niego zaraziło się 10 pracowników. Jeszcze cztery inne osoby wykazywały na samym początku nietypowe objawy brzuszne - ból i wymioty - i tylko jedna miała jeszcze gorączkę.
    Średnio od czasu pojawienia pierwszych objawów do duszności mijało 5 dni, do przyjęcia do szpitala 7 dni a do ostrej niewydolności oddechowej 8 dni. Pacjenci wyleczeni przebywali w szpitalu średnio 10 dni (zakres 7-14). Nie zaobserwowano korzyści przy stosowaniu jako leku przeciwwirusowego oseltamiviru (który w zasadzie radzi sobie głównie z grypą) ani metyloprednizolonu.
    O dziwo dwie jedyne osoby chore na wirusa HIV nie znalazły się na OIOM, choć nie wiem czy były w grupie wyleczonych. Można zgadywać, że osoby te leczyły się lekami antyretrowirusowymi, które powstrzymują namnażanie wirusów RNA i wydają się choć w części hamować infekcje koronawirusa z Wuhan, który też jest wirusem RNA.
    https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2761044

    * Mała publikacja z Wuhan, w zasadzie studium przypadku, opisujące leczenie dwóch pacjentów, u których obecność wirusa potwierdzono w zasadzie już po wyleczeniu. Oboje zostali przyjęci na przełomie grudnia i stycznia z objawami ciężkiej infekcji z zajęciem płuc, mieli kontakt z feralnym targiem owoców morza. Testy sprawdzające najczęstsze patogeny nic nie wykazały, byli więc leczeni na nieustaloną infekcję przy pomocy leków o szerokim spektrum. Oprócz przeciwwirusowego oseltamiviru i chlorowodorku abidolu dostawali też, metyloprednizolon, leki przeciwbakteryjne, leki na chlamydię i mykoplazmę, spore dawki ludzkiej immunoglobuliny gamma i tradycyjny lek ziołowy Tanreqing. Oboje zostali wyleczeni w ciągu dwóch tygodni i wypisani ze szpitala. Dopiero po tym szpital zaczął prospektywnie badać próbki już wypisanych pacjentów z objawami płucnymi, bo wtedy ministerstwo zdrowia ogłosiło nową chorobę wirusową.
    Autorzy artykułu nie przesądzają o tym co konkretnie przyczyniło się do wyzdrowienia pacjentów, ale wskazują że najprawdopodobniej zdecydowały tutaj codzienne dawki immunoglobuliny (z innych artykułów wynika, że użyte tu środki przeciwzapalne i przeciwwirusowe nie działają, więc w zasadzie zostaje tylko globulina i może ten lek ziołowy). Byłaby to więc jakaś wskazówka przy leczeniu.
    https://link.springer.com/article/10.1007/s12250-020-00203-8
    #koronawirus #koronawirusfakty #zdrowie #2019ncov #gruparatowaniapoziomu
    pokaż całość

    źródło: i.imgur.com

  •  

    Przeanalizowałem słynną ostatnio pracę wiążącą genom wirusa z Wuhan z wirusem HIV przez porównywanie sekwencji aminokwasów kodowanych białek. Jest z nią dość dużo problemów, które pozwalają podważyć wnioski, ale ich zreferowanie to trochę dłuższy tekst, więc dodałem go jako znalezisko.
    https://www.wykop.pl/link/5319095/czy-nowy-koronawirus-powstal-z-krzyzowki-z-wirusem-hiv/
    Tu tylko wyliczę w punktach kłopotliwe fragmenty pracy:
    - Znaleziono cztery fragmenty identyczne w nowym koronawirusie i w HIV, wnioskiem było, że to mało prawdopodobne, aby był to przypadek. Problem w tym, że to w zasadzie luźne retoryczne stwierdzenie, nie poparte nawet szacunkiem liczbowym
    - Jako dodatkowy fakt wykazano, że identyczne sekwencje zawierają tyle samo aminokwasów dodatnio naładowanych - co wygląda mi na powiedzenie drugi raz tego samego
    - Nie zbadano czy inne sekwencje w innych koronawirusach zawierają podobne zagęszczenie aminokwasów
    - Główny problem to bardzo krótkie identyczne sekwencje - cztery fragmenty o długości od 6 do 12 aminokwasów, w białku mającym ich kilka tysięcy
    - Wrzucenie tych fragmentów do biologicznej bazy danych białek pokazuje, że nie są to fragmenty specyficzne dla HiV i pojawiają się też w białkach gronkowców, pałeczki okrężnicy i kilku innych wirusów i bakteriofagów. O czym autorzy się nie zająknęli.

    Wołam pytających o to z poprzednich wpisów:
    @BeautifulLiar @Inominews @metylomorfina @DestroDevil @szad7

    Posty z przeglądami prac naukowym o wirusie będę wrzucał pod tag #koronawirusfakty

    #koronawirusfakty #2019ncov #koronawirus #medycyna #gruparatowaniapoziomu
    pokaż całość

  •  

    W związku z publikacją kilku wersji genomu nowego wirusa, zaczynają pojawiać się analizy porównawcze. Jest więc trochę danych odnośnie możliwych źródeł i sposobów zarażania.

    * Na serwisie GISAID są powoli publikowane dane na temat wyizolowanych genomów. To baza pozwalająca wymieniać się określonymi sekwencjami i pierwotnie powstała aby koordynować komunikację w sprawie badań nad nowymi szczepami grypy. Pełna baza danych jest dostępna dla zarejestrowanych użytkowników (jeśli dobrze rozumiem, trzeba być naukowcem aby uzyskać dostęp). Jednak niektóre ogólne podsumowania opublikowano on line.
    W bazie jest już 49 genomów izolowanych z różnych miejsc z drobnymi zmianami genetycznymi. Czy to znaczy, że wirus mutuje? W pewnym sensie tak, ale wirusy robią tak cały czas. Drobne zmiany rzędu zamiany jednego kwasu nukleinowego następują w zasadzie w każdym żywicielu, ale zwykle jedna wersja przeważa i inni mają szanse zarazić się tylko nią. Przeniesienie między żywicielami kolejnych wersji z drobnymi zmianami pozwala natomiast określać możliwe drogi zarażeń. Nowe zmiany kumulują się i pokazują całą historię rozprzestrzeniania, jeśli jest udokumentowane pochodzenie geograficzne próbek można oszacować drogi rozchodzenia wirusa między miastami i krajami.
    Dla przebiegu epidemii ważne jest więc nie czy wirus mutuje, bo to akurat robi cały czas. Ważne jest gdzie pojawia się ta mutacja i czy ma znaczenie kliniczne.

    Zarejestrowano 49 genomów, większość z Wuhan, parę z innych chińskich miast, kilka z USA i Francji, najnowszy genom pochodzi od pacjenta z Niemiec. To genom wyizolowany 29 stycznia więc zapewne pochodzi od pierwszego niemieckiego chorego, przewodnika turystycznego. W analizie filogenetycznej jego wirus wykazuje bliskie podobieństwo do wirusa notowanego bezpośrednio w Wuhan, z głównej gałęzi do której należały pierwsze przypadki, Jest to zgodne z informacjami, że zaraził go chiński turysta z tego miasta. Genom ten ma bardzo małe różnice względem pierwszych przypadków, zaczyna się na głównym pniu obok genomu pacjenta zarejestrowanego jeszcze w grudniu, więc w zasadzie jest to niezmieniona wersja.
    Próbki z USA wyodrębniają się już z bocznych gałęzi ze zmianami genetycznymi, do tej samej gałęzi należą genomy z miast Zhenghen i Guangdong, możliwe więc, że Amerykanie zarazili się od tej samej grupy, która przeniosła wirusa do tych innych miast lub wręcz zarazili się dopiero w innym mieście. Cała ta gałąź wyróżnia się charakterystyczną mutacją kodonu w miejscu ORF8, odpowiedzialnego za białka regulujące replikację.
    Dwie próbki z Francji należą do osobnej gałęzi w której znalazły się też przypadki z Tajwanu, Australii i USA, więc jest to niejako "szczep międzynarodowy". Najwięcej różnic genetycznych wykazują trzy nowe przypadki z Guangdong, powiązane przez odgałęzienie kolejnego rzędu z przypadkami w innych niż Wuhan chińskich miastach.
    Tyle mogę zgadnąć patrząc po wizualizacjach i klikając w różne opcje. Jakiś biolog może by z tego wyciągnął więcej.

    https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-betacov-app/

    * Publikacja z Journal of Virology analizuje strukturę białka otoczki pełniącego ważną rolę w wiązaniu się do receptorów na powierzchni komórek.
    Komórki organizmów eukariotycznych posiadają przechodzące przez błonę liczne receptory wiążące się z pewnymi grupami białek, sacharydów i niektórymi cząsteczkami. Dzięki temu do środka wciągane są różne cząsteczki, komórka wykrywa zmianę warunków zewnętrznych, może zachodzić komunikacja między komórkami. Z drogi tej korzystają liczne wirusy, stąd wiele leków jest nakierowanych na określone receptory.
    W genomie wirusa zakodowana jest sekwencja aminokwasów budujących strukturę wirusa, możliwe jest więc odtworzenie białek otoczki i określenie ich interakcji ze znanymi receptorami.
    Opisane tu symulacje potwierdzają coś, czego się spodziewaliśmy - białko S (spike protein) otoczki wirusa pasuje do ludzkiego receptora ACE2, wykrywającego enzym konwertazy angiotensyny. Po przyłączeniu się do receptora wirus jest wciągany do komórki i tam zaczyna się namnażać. Taki sam mechanizm obserwowaliśmy w przypadku wirusa SARS. Stopień dopasowania białka S do receptora wpływa na to na ile chętnie wirus się łączy z komórkami, a więc na ile jest zakaźny i czy w ogóle jest w stanie zakażać. Im słabsze wiązanie z receptorem, tym ciężej się zarazić. Notowano później przypadki zarażeń zwierzęcymi wersjami SARS, w których wirus nie roznosił się między ludźmi z powodu słabego wiązania z receptorami i niskiej wiremii.
    Motyw bezpośrednio wiążący białka S nowego koronawirusa wykazuje szczególnie korzystne cechy, co odzwierciedla dobre dostosowanie do ludzkiego organizmu i zdolność przenoszenia na innych ludzi. Równocześnie motyw ten częściowo pasuje do receptorów ACE innych zwierząt, co oznacza, że potencjalnie mogą zarażać się wirusem od ludzi i stanowić pośredni wektor rozprzestrzeniania (a także model zwierzęcy do badania leków).
    https://jvi.asm.org/content/early/2020/01/23/JVI.00127-20.long

    * Publikacja w NEJM rozszerza już znane dane kliniczne. Były już opisy stanu zdrowia pierwszych 41 i kolejnych 99 chorych z Wuhan, teraz mamy dane kliniczne 425 pacjentów. Na tej podstawie oszacowano podstawową liczbę reprodukcji oraz szybkość podwajania się zachorowań. Jest to już dostatecznie duża grupa aby określić ciężkość zachorowań w różnych grupach wiekowych.

    Pacjenci ujęci w analizie byli w wieku od 15 do 89 lat, ze średnią 59 lat. 56% stanowili mężczyźni, więc nie ma tu aż tak dużej dysproporcji jak obserwowana we wcześniejszych analizach. Na podstawie danych o kontaktach później zdiagnozowanych z pierwszymi 10 pacjentami oceniono średni czas inkubacji 5,2 dnia (zakres jednego odchylenia standardowego to 4-7 dni). 95 percentyl rozkładu czasów inkubacji wynosi 12,5 dnia, co oznacza, że rzadko u niektórych czas ten jest długi. Odzwierciedla to fakt, że po zamknięciu w dniu 1 stycznia feralnego targu rybnego nowe przypadki od osób które tam bywały lub sprzedawały pojawiały się jeszcze do 13 stycznia. Czas podwajania się liczby przypadków w grupach powiązanych zarażeń wynosił 7 dni, a współczynnik reprodukcji 2,2.
    Pacjenci średnio zgłaszali się do szpitali po 4-5 dniach od pierwszych zmian samopoczucia. W ostatniej fazie zbierania danych od 12 do 22 stycznia, 78% pacjentów nie miało kontaktu ani z targiem rybnym ani ze znanymi tym osobom pacjentami z chorobami płuc. Nie wiedzieli więc od kogo się zarazili, wydawało im się, że kontaktowali się tylko ze zdrowymi. Średni odstęp serii w dobrze zbadanych grupach kolejnych zakażeń wynosił około 7 dni (chodzi tu o średni czas pojawienia się objawów u osoby zakażonej przez zakażoną wcześniej, porównanie go ze średnim czasem inkubacji daje nam informację na ile dni przed pojawieniem się objawów chory już skutecznie zaraża).
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31995857
    #koronawirusfakty #2019ncov #medycyna #gruparatowaniapoziomu

    * Kolejna praca to w zasadzie list naukowca, opisujący skrótowo pierwszy przypadek zarażenia w Niemczech. Jak podkreśla autor, osoba ta zaraziła się od Chińczyka, który w tym momencie nie miał żadnych objawów. Pacjent to biznesmen, który 24 stycznia stwierdził u siebie gorączkę. Kolejnego dnia pojawił się kaszel a gorączką wzrosła do 29 stopni. Potem jednak objawy zaczęły się zmniejszać i 27 stycznia wrócił do pracy.
    W tym jednak dniu dotarła wiadomość z Chin - partner finansowy z którym kontaktował się w dniach 20-21 stycznia został właśnie zdiagnozowany jako chory na nowego koronawirusa. Przez okres pobytu w Niemczech czuł się dobrze, ale poczuł u siebie gorączkę podczas powrotu samolotem. Zgłosił to od razu i na lotnisku przejęły go służby sanitarne, kolejnego dnia, 26 stycznia potwierdzono u niego wirusa.
    Wykonano więc badania u niemieckiego biznesmena i zaleziono u niego wirusa. Wprawdzie był już w zasadzie w fazie zdrowienia, ale mimo to go odizolowano. Zaczęto więc śledzić kontakty i u trzech współpracowników wykryto wirusa, pojawiły się też u nich pierwsze objawy. Dwóch z nich kontaktowało się tylko z niemieckim pacjentem, jeden chwilkę rozmawiał z pierwszym chińczykiem. Mamy więc potwierdzony łańcuch zarażeń chińczyk > pierwszy Niemiec > jego pracownicy.

    Pojawia się zatem pytanie, czemu biznesmen nie skojarzył swoich objawów z nowym wirusem? Jego partner finansowy z Chin mieszkał w Szanghaju. Szanghaj nie jest objęty kwarantanną a media nie ogłaszały aby zgłaszać kontakty z ludźmi z tego miasta. Nie wiedział natomiast, że chińczyk którego spotkał, przed wyjazdem miał kontakt z osobą z Wuhan.
    Jak zwracają uwagę autorzy, pokazuje to nie tylko w jak długim czasie przed pojawieniem się objawów dana osoba może już zarażać, ale też że po pozornym wyzdrowieniu pacjent może przez pewien czas wykazywać wysoką wiremię. Biznesmen poczuł się lepiej i po trzech dniach wrócił do pracy. Gdy przyjęto go na obserwację miał jednak podwyższoną gorączkę i cząstki wirusa w wydzielinie płuc, które dao się wykryć jeszcze do 29 stycznia (trzy dni po odczutej przez niego poprawie).
    Schemat zarażeń:
    https://www.nejm.org/na101/home/literatum/publisher/mms/journals/content/nejm/0/nejm.ahead-of-print/nejmc2001468/20200130/images/img_xlarge/nejmc2001468_f1.jpeg
    #koronawirusfakty #2019ncov #zdrowie #gruparatowaniapoziomu
    pokaż całość

    źródło: i.imgur.com

  •  

    Tym raczej bardziej przemyślenia na temat epidemii, bo danych na razie wciąż mało

    Określenie stopnia śmiertelności choroby w trakcie trwania epidemii jest trudne. W zasadzie nie mając danych na temat większej grupy obserwowanej od początku do końca, dysponujemy tylko współczynnikiem "liczba zgonów/liczba przypadków", który w takiej chwili mniej nam mówi o faktycznej groźności choroby, a więcej o stosunku przyrostu ofiar do szybkości rozprzestrzeniania. W sytuacji, gdy jeszcze 70-80% chorych pozostaje chorymi, liczenie wskaźnika śmiertelności jako współczynnika "liczba zgonów/liczba osób które ukończyły terapię" może prowadzić do dużych błędów. Także długi czas między pojawieniem się objawów a najczęstszym terminem zgonu zwiększa asymetrię, powodując że wyliczanie czegoś z liczby zmarłych z grupy pierwszych chorych i liczby wszystkich chorych włącznie ze świeżo zdiagnozowanymi, prowadzić może na manowce.

    Załóżmy sobie chorobę, która w ciągu pierwszego tygodnia od pojawienia się objawów nie wywołuje zgonów, zaś ryzyko po upływie tego czasu wynosi 10% na każdy kolejny tydzień leczenia. Oraz, że chorzy zdrowieją po trzech tygodniach od pojawienia się objawów, a także że co tydzień jest 100 nowych przypadków. Jak będzie wtedy wyglądać stosunek zgonów do liczby przypadków i zgonów do liczby osób, które ukończyły terapię w kolejnych tygodniach?

    Tx - grupa z pierwszego tygodnia - grupa z drugiego tygodnia - z trzeciego = zgony/przypadki = zgony/(zgony+wyleczeni)

    T1 - 100 chorych = 0 = 0
    T2 - 90 chorych 10 zgonów - 100 chorych = 5% = 100%
    T3 - 81 chorych 19 zgonów - 90 chorych 10 zgonów - 100 chorych = 6,3% = 100%
    T4 - 81 zdrowych 19 zgonów - 81 chorych 19 zgonów - 90 chorych 10 zgonów - 100 chorych = 12% = 59%
    T5 - 81 zdr. 19 zg - 81 zdr. 19 zg. - 81 chorych 19 zgonów - 90 chorych 10 zgonów - 100 chorych = 13,4% = 41,3%
    T6 - 81 zdr 19 zg - 81 zdr 19 zg. - 81 zdr 19 zg - 81 chorych 19 zgonów - 90 chorych 10 zgonów - 100 chorych = 14,3% = 35%
    Jak widać istnienie odstępu czasowego od pojawienia się objawów do zgonu i do wyleczenia powodują, że pierwszy współczynnik przekłamuje w dół a drugi ostro górę ale oba stopniowo zbliżają się do wartości ostatecznej. Gdyby nasza przykładowa epidemia zatrzymała się na 6 tygodniu, wówczas do samego końca przeżyłoby 486 osób, zmarłoby 114 a ostateczny współczynnik zgonów wynosiłby 19%.
    Dla epidemii, w której przyrost liczby nowych przypadków nie jest liniowy a przyspieszający, oba wskaźniki przekłamują jeszcze bardziej, ten pierwszy może nawet spadać. Pojawia się wtedy w kolejnym tygodniu dużo więcej nowych chorych, niż osób z pierwszej grupy zdążyło umrzeć lub wyzdrowieć.

    Dla nowego koronawirusa dziś liczba przypadków wynosi 6172, zgonów 133 a wyzdrowień 115. Zgony stanowią więc 2,1% wszystkich przypadków i 53% osób, które zakończyły chorobę w ten czy inny sposób. Zarazem wynikałoby z tego, że wciąż jeszcze leczonych jest 95% chorych, więc oba współczynniki na tym etapie mocno przekłamują. Ostateczna śmiertelność zawiera się gdzieś między tymi wartościami, wpływ na nią będzie miało to, czy znajdziemy jakąś metodę leczenia ale też postępy diagnostyki pozwalające znaleźć przypadki łagodne i skąpoobjawowe. Osobiście obstawiam, że będzie to wartość bliska 5%.

    Czy da się te wskaźniki z czymś porównać? Zajrzałem do archiwów doniesień na temat epidemii SARS. Globalny alert w sprawie nowych przypadków atypowego zapalenia płuc to 12 marca. Po upływie miesiąca, 12 kwietnia, znanych było już 2781 przypadków i 111 zgonów a 1337 wyzdrowiało.
    http://www.cidrap.umn.edu/news-perspective/2003/04/sars-could-be-biggest-disease-threat-aids-says-who-expert

    Oznacza to, że zgony stanowiły 4% znanych przypadków i 7,6% osób które ukończyły chorobę. Niecały tydzień później Chiny zdecydowały się ujawnić ukrywane informacje o zachorowaniach na prowincji. 28 kwietnia wiadomo było o 5050 przypadkach, w tym 321 zgonach i 2342 wyleczeniach, zatem zgony stanowiły 6,3% przypadków i 12% tych którzy zakończyli leczenie. W tym momencie liczba nowych zachorowań w Chinach i Hongkongu już spadała.

    Widać więc, że szybkość przyrostu liczby przypadków była wtedy wolniejsza niż podczas obecnej epidemii, na tyle, że sporo osób zdążyło wyzdrowieć. Śmiertelność w obu wskaźnikach była wyższa niż obecnie, zaś całkowita po zakończeniu epidemii w 2004 roku wyniosła globalnie około 10% (przy czym akurat Chiny zgłaszały najmniejszą, 6%, co budzi podejrzenia, że jakaś ilość zgonów nie została zarejestrowana). Potwierdzałoby to zatem doniesienia, że obecny koronawirus jest mniej zjadliwy niż był SARS i że śmiertelność raczej będzie niższa. Natomiast szybszy przyrost zakażeń, być może związany z większą zakaźnością, może ostatecznie jednak doprowadzić do większej liczby zgonów, niewiele bowiem brakuje do przebicia rozmiarów tamtej epidemii a na razie wyraźnego wyhamowania nie widać.
    #2019ncov #zdrowie #epidemia #koronawirusfakty
    pokaż całość

Ładuję kolejną stronę...

Popularność #koronawirusfakty

0:0,0:0,0:0,0:0,0:0,0:0,0:2,0:0,0:1,0:1,0:0,0:2,0:0,0:0

Archiwum tagów