•  

    W dostępnych bazach danych genetycznych pojawiła się już próbka z Polski. To genom wyizolowany od pierwszego chorego z Zielonej Góry. O ile się dobrze orientuję, w bazie Gisaid jest to pierwszy i jedyny genom jakiejś choroby izolowany w Polsce i opublikowany. Wszystkich genomów w bazie jest dla nowego koronawirusa 1200, całkiem sporo biorąc pod uwagę, że od roku 2012 w bazie umieszczono 2 tysiące genomów grypy sezonowej (0 z Polski), 1000 genomów gruźlicy i 800 genomów enterowirusów. Baza początkowo powstała dla światowej wymiany danych na temat grypy, aby wcześnie wyłapać pojawienie się nowej mutacji.

    Jak wspominałem, próbkę pobrano od pierwszego chorego, 66-letniego mężczyzny z Zielonej Góry, który wrócił z Niemiec. Ponieważ źródeł zarażeń było w naszym kraju wiele, jego odmiana wirusa słabo odzwierciedla ogół sytuacji. Mieliśmy przecież infekcje pochodzące z Niemiec, Włoch i USA. Przydałoby się wyizolować genom od kogoś z którejś z największych grup powiązanych zarażeń, na przykład z grupy zachorowań w okolicy Grójca, gdzie ogniskami zarażeń stały się szpitale w Grójcu i Nowym Mieście a źródło zarażeń nie jest znane.
    Popatrzmy mimo to, co dają nam zamieszone informacje.

    Genom z próbki jest oczywiście powiązany z rozgałęzieniem filogenetycznym próbek z Niemiec. Najwyższe podobieństwo wykazuje próbka pobrana 25 lutego w regionie Nadrenia Północna-Westfalia. Pasuje to do informacji, że pacjent przebywał na impresie karnawałowej w tym rejonie. Bliskie podobieństwa wykazuje jeszcze kilka próbek z tego regionu i próbki z Holandii, a najbliższą gałązką w kladzie jest ta, z której pochodzi pierwsze zachorowanie w Brazylii i trzy zachorowania w Walii.
    Patrząc dalej po historii, grupa tych pokrewnych genomów wywodzi się od odgałęzienia w którym znalazły się genomy izolowane w Szanghaju na początku lutego, w Hangzhou w chińskiej prowincji Zhejiang około 22 stycznia.
    Próbką izolowaną najwcześniej z całej tej grupy była ta z Tajlandii, z Nothaburi 13 stycznia, była to turystka która wcześniej przebywała w Wuhan. Był to drugi w ogóle odnotowany przypadek w Tajlandii.
    Natomiast ta grupa zachorowań nie ma filogenetycznego związku z zachorowaniami we Włoszech. Wychodzi na to, że Niemcy nie dość, że przegapili chorych wracających z Włoch to jeszcze dużo wcześniej przegapili chorych Azjatów z Chin lub Japonii.

    Inną informacją jaką można wysnuć z tych danych jest stopień zmutowania wirusa.
    W danych udostępnionych przez GISAID zmienność jest opisywana przez parametr dywergencji (zróżnicowania), czyli w uproszczeniu liczbę charakterystycznych mutacji oddzielających daną grupę od reszty genomów. Dla polskiej próbki nie jest ona wysoka i wynosi około 3. Najwyższą odmienność od reszty przypadków wykazują dwie próbki z Belgii mające Div=14 i 13, nieco mniejszą trzecia próbka z Belgii i jedna z USA.
    https://www.gisaid.org/epiflu-applications/nextflu-app/

    #koronawirus #koronawirusfakty #genetyka #nauka

    źródło: polski klad.png

    +: DizzyEgg, Niekwestionowana_Skonczonosci +127 innych