•  

    W dostępnych bazach danych genetycznych pojawiła się już próbka z Polski. To genom wyizolowany od pierwszego chorego z Zielonej Góry. O ile się dobrze orientuję, w bazie Gisaid jest to pierwszy i jedyny genom jakiejś choroby izolowany w Polsce i opublikowany. Wszystkich genomów w bazie jest dla nowego koronawirusa 1200, całkiem sporo biorąc pod uwagę, że od roku 2012 w bazie umieszczono 2 tysiące genomów grypy sezonowej (0 z Polski), 1000 genomów gruźlicy i 800 genomów enterowirusów. Baza początkowo powstała dla światowej wymiany danych na temat grypy, aby wcześnie wyłapać pojawienie się nowej mutacji.

    Jak wspominałem, próbkę pobrano od pierwszego chorego, 66-letniego mężczyzny z Zielonej Góry, który wrócił z Niemiec. Ponieważ źródeł zarażeń było w naszym kraju wiele, jego odmiana wirusa słabo odzwierciedla ogół sytuacji. Mieliśmy przecież infekcje pochodzące z Niemiec, Włoch i USA. Przydałoby się wyizolować genom od kogoś z którejś z największych grup powiązanych zarażeń, na przykład z grupy zachorowań w okolicy Grójca, gdzie ogniskami zarażeń stały się szpitale w Grójcu i Nowym Mieście a źródło zarażeń nie jest znane.
    Popatrzmy mimo to, co dają nam zamieszone informacje.

    Genom z próbki jest oczywiście powiązany z rozgałęzieniem filogenetycznym próbek z Niemiec. Najwyższe podobieństwo wykazuje próbka pobrana 25 lutego w regionie Nadrenia Północna-Westfalia. Pasuje to do informacji, że pacjent przebywał na impresie karnawałowej w tym rejonie. Bliskie podobieństwa wykazuje jeszcze kilka próbek z tego regionu i próbki z Holandii, a najbliższą gałązką w kladzie jest ta, z której pochodzi pierwsze zachorowanie w Brazylii i trzy zachorowania w Walii.
    Patrząc dalej po historii, grupa tych pokrewnych genomów wywodzi się od odgałęzienia w którym znalazły się genomy izolowane w Szanghaju na początku lutego, w Hangzhou w chińskiej prowincji Zhejiang około 22 stycznia.
    Próbką izolowaną najwcześniej z całej tej grupy była ta z Tajlandii, z Nothaburi 13 stycznia, była to turystka która wcześniej przebywała w Wuhan. Był to drugi w ogóle odnotowany przypadek w Tajlandii.
    Natomiast ta grupa zachorowań nie ma filogenetycznego związku z zachorowaniami we Włoszech. Wychodzi na to, że Niemcy nie dość, że przegapili chorych wracających z Włoch to jeszcze dużo wcześniej przegapili chorych Azjatów z Chin lub Japonii.

    Inną informacją jaką można wysnuć z tych danych jest stopień zmutowania wirusa.
    W danych udostępnionych przez GISAID zmienność jest opisywana przez parametr dywergencji (zróżnicowania), czyli w uproszczeniu liczbę charakterystycznych mutacji oddzielających daną grupę od reszty genomów. Dla polskiej próbki nie jest ona wysoka i wynosi około 3. Najwyższą odmienność od reszty przypadków wykazują dwie próbki z Belgii mające Div=14 i 13, nieco mniejszą trzecia próbka z Belgii i jedna z USA.
    https://www.gisaid.org/epiflu-applications/nextflu-app/

    #koronawirus #koronawirusfakty #genetyka #nauka

    źródło: polski klad.png

Gorące dyskusje ostatnie 12h

  • avatar

    Konsekrowana głupota Ks Tadeusza Guza na antenie Radia Maryja:

    Pan Bóg żadnych wirusów nie rozprzestrzenia. Bo jest święty. I jego bytowość jest święta. Niektórzy się obawiali że kapłan który celebruje i jest komunia św. do ust, że kapłan może zarażać. Kapłan ma, po pierwsze, konsekrowane dłonie

    Religia wciąż dostarcza dowodów na to, że nie po drodze jej z rozumem.
    #religia #koronawirus #radiomaryja #przemyslenia #dzbanywiary #bekazkatoli #rakcontent
    pokaż całość

    odpowiedzi (25)

  • avatar

    Czaj to.

    Mój ojciec podczas swojej zajawkowej hodowli kur napotykał się na różnorakie utrapienia. Z tego co zdążyłem zaobserwować, kury są kapryśne, to nadzwyczaj grymaśne istoty.

    Pewnego razu przez kurnik przetoczyła się fala agresji. U ptaków zdarza się kanibalizm, rzadziej autokanibalizm. Mówiąc prościej - napadają na siebie nawzajem i wydziobują pióra, krew współbraci przelewana. Dla hodowcy oczywiście sytuacja zdecydowanie niepożądana. Ojczulek mój to litościwy człowiek, niby te jego kury w większości czeka kres w postaci kotła z rosołem, ale póki nie nadejdzie godzina egzekucji – troszczy się o nie życzliwie.

    Dlatego obdziobywanie wkurwiało go do granic.

    Tego typu ptasie zachowania może spowodować wiele czynników, w dodatku przyczyny te często nakładają się wzajemnie na siebie. Braki w diecie, za mało światła, za gorąco, za sucho, gniazda poustawiane wbrew zasadom feng shui, ba, one potrafią zaczynać zadymy po prostu z nudów, bo na wybiegu nie ma nic do roboty. No i bądź tu teraz mądry, analizuj, próbuj, kombinuj, do tego potrzeba czasu, tymczasem te dranie coraz mocniej wkręcają się w fight club, no bo przecież przemoc ma tendencję do eskalacji.

    I teraz słuchaj, rozjebało mi to głowę. Jest jeden błyskawiczny, banalnie prosty sposób na przynajmniej tymczasowe uniemożliwienie im wzniecania chryi. Nie mówię tu o obcinaniu dziobów! To akurat krzywa schiza, po okaleczeniu stworzenie cierpi nie dość, że fizyczny ból, to jeszcze psycha mu siada, a ty później zjadasz takie odmęty bezkresnej rozpaczy. Nic z tych rzeczy, można humanitarnie. Mianowicie, uważaj teraz – nakładasz im na łebki takie okularki, fachowo osłonki nosowe. Taki dynks ogranicza kurze pole widzenia, to jest spoglądanie do przodu, przez co nie może precyzyjnie wycelować w pióro koleżanki, ale pozwala rozglądać się na boki. Ptak fizycznie przestaje być zdolny do ataku, ale rzecz nie przeszkadza mu w pobieraniu pokarmu czy wody. Sprawa jest bezpieczna dla zwierzęcia, a hodowca zyskuje czas potrzebny do zlokalizowania źródła problemu.

    Uwierzysz, że coś takiego istnieje? Przedstawiony mechanizm działania jest banalny, ale dopiero ujrzenie go, pozwoliło mi uświadomić sobie, że gdzieś tam, w magicznym świecie hodowców drobiu, ktoś musiał poświęcić sporo namysłu poszukiwaniu rozwiązania. Totalna abstrakcja. Drobiowy wszechświat istnieje równoległe do mojego osobistego kosmosu, lecz go nie dostrzegam. Kurza ślepota.

    Dana dziedzina rzeczywistości dopiero wtedy odkryje przed tobą całe swe skomplikowanie, gdy nad nią się pochylisz.

    #wujaandzej
    pokaż całość

    odpowiedzi (25)

  • avatar

    Grubo. Polsko, ufam Tobie.

    #koronawirus

    odpowiedzi (13)