@Migfirefox: A porąbana akcja. Molekułę po dynamice molekularnej w gabedit zapisałem nie jako .xyz a jako .mol po czym otworzyłem w Avogadro. Tam następnie zrobiłem szybką (dosłownie włączyć i wyłączyc) optymalizację geometrii w UFF i wiązania się trochę rozciągnely. Ale to wystarczylo, zeby potem Gaussian dobrze policzyl czasteczke - 12 procesorow, 45GB ram, i cyk - 2 dni wystarczyly
@farmaceut: to teraz dla potomnych napisz o co chodzi, a nie, że ktoś będzie szukał, odnajdzie twoje pytanie, i będzie myślał że już już, a tu dupa - "znalazłem rozwiązanie, można zamknąć temat" ( ͡°͜ʖ͡°)
@mozgogrdyczka: Skoro 100 plusow zdobyl moj wysryw z zapytaniem jak co zrobic, to moze zaczne wrzucac tutaj rozne niuanse obliczeniowe jakie mi wychodza xD dolacez do #gruparatowaniapoziomu xD
@farmaceut: 12 procesorów i 45 GB RAMu. A ja myślałem że mój komputer w pracy jest wypasiony. A niby tylko meble robimy ಠ_ಠ Ja kiedyś na swoim C2D potrafiłem robić obliczenia jak się ciepło w radiatorze rozchodzi coby mi się lampka w rowerze nie grzała. Procek potrafił w 100°C liczyć ponad dobę xD
@farmaceut: bezużyteczna* wiedza jest najciekawsza, szczególnie jak jest się prostym chemikiem. Chyba obserwuję ten tag, albo obserwowałam, na pewno czytałam też jakieś twoje posty o atakowaniu arkuszy kalkulacyjnych za pomocą pewnego węża. Prościej będzie jak ciebie będę obserwować xD
Badam rozne substancje za pomoca metod obliczen chemicznych. Podstawowa rzecza w nich jest to, zeby czasteczka wyjsciowa, przed jakimikolwiek innymi obliczeniami, byla tzw.globalnym minimum – czyli struktura najnizsza energetycznie, a więc najprawdopodobniej istniejaca w warunkach normalnych(1atm, 25*C), co jest zgodne z rozkladem Boltzmanna. Nie jest to jednak takie easy peasy lemon squizzy, bo algorytmy programów obliczeniowych nie
@Migfirefox: Panie, to nie moje ( ͡°͜ʖ͡°) To serwery obliczeniowe. Taka maszynka w domu to by bylo cos. BTW To jest na 1 zadanie. A ja wrzucilem ich 10 xD
@mozgogrdyczka: Aj waj. Python to druga sprawa ( ͡°͜ʖ͡°) niesamowicie przydatny, chyba ze akurat czegos nie wiesz i nikt nie potrafi pomoc. Tak jak dzisiaj. I dlatego tilted, nie robie nic. DZIENKUJEM ZA OBSERWACJE
@farmaceut: O wlasnie! Jeszcze odnosnie tego dlaczego lokalne minimum to d00pa. Jak widac na obrazku. Jesli sie w takie wpadnie i da np. za maly krok to nigdy sie z niego nie wyjdzie. A z kolei za duzy powoduje przeskoczenie np. do innego lokalnego minimum. Z tego powodu prawie nigdy nie znajdzie sie globalnego.
@farmaceut: fajnie się czyta takie opisy. Niby coś dzwoni, ale w sumie to i tak nie moja działka xD Znaczy że tę specyfikację mogę sobie X10 dać? xD W sumie na GPU by się szybciej nie liczyło?
@Migfirefox: Tak ( ͡°͜ʖ͡°) x10 To jest na klastrze obliczeniowym, cholera wie co oni tam mają. A nie wiem nawet czy Gaussian wspiera GPU. GAMESS na bnk.
edit -wspiera. ale czy oni maja gpu to bym sie gleboko zastnawial xD
@farmaceut: nej. Ten wynalazek to PaletteCAD. można sobie w tym zaprojektować dowolny mebel, a później wygenerować sobie programy na obrabiarki (w moim przypadku piła panelowa i centra CNC). Mebelki trzaskamy pod konkretny wymiar. Czasem milimetr może sporo nerwów napsuć xD
@farmaceut: jak patrzę na ceny kuchni, to za kilka z nich by sobie człowiek mieszkanie kupił. Albo klaster do obliczeń xD Sama technologia produkcji takiego czegoś to momentami rocket science. Tutaj jest kilka warstw płyt meblowych żeby miało takie fajne kolorki.
@farmaceut: mi by się przydał. Jak raz sobie panoramę składałem to program poprosił o zarezerwowanie 50 GB na sam cache xD Obraz wynikowy miał około 1 TB xD²
#nauka #farmacja #chemia #pytanie #kiciochpyta #pytaniedoeksperta
A co do powyższego - ja bardzo chętnie poczytam :)
Ja kiedyś na swoim C2D potrafiłem robić obliczenia jak się ciepło w radiatorze rozchodzi coby mi się lampka w rowerze nie grzała. Procek potrafił w 100°C liczyć ponad dobę xD
Badam rozne substancje za pomoca metod obliczen chemicznych. Podstawowa rzecza w nich jest to, zeby czasteczka wyjsciowa, przed jakimikolwiek innymi obliczeniami, byla tzw.globalnym minimum – czyli struktura najnizsza energetycznie, a więc najprawdopodobniej istniejaca w warunkach normalnych(1atm, 25*C), co jest zgodne z rozkladem Boltzmanna. Nie jest to jednak takie
easy peasy lemon squizzy, bo algorytmy programów obliczeniowych nieZnaczy że tę specyfikację mogę sobie X10 dać? xD
W sumie na GPU by się szybciej nie liczyło?
edit -wspiera. ale czy oni maja gpu to bym sie gleboko zastnawial xD
(chociaz ladniejsze robi wxMacMolPlt)
Mój takie robi. A jeszcze fajniej się ogląda gotowy mebel. Tu gablotka do muzeum/biblioteki które mam niedaleko.
Mebelki trzaskamy pod konkretny wymiar. Czasem milimetr może sporo nerwów napsuć xD
Sama technologia produkcji takiego czegoś to momentami rocket science. Tutaj jest kilka warstw płyt meblowych żeby miało takie fajne kolorki.
Obraz wynikowy miał około 1 TB xD²