@Uri_: Testowałem OneNote, Joplin, Notion oraz Obsidian i po wielu analizach mocno polecam Obsidiana jako personal knowledge database. Ma po prostu najwięcej opcji, a jak nawet czegoś nie ma, to zaraz ktoś zrobi do tego wtyczkę ( ͡° ͜ʖ ͡°). Poza tym sama integracja notatek jest świetna pomiędzy smartfonem i desktopem.

W Twoim przypadku używałbym Zotero do adnotacji PDF-ów, po czym synchronizałbym to z Obsidianem tym